El interior de la Hacienda está dividida en tres partes: la primera, destinada a la casa habitación, oficinas y áreas de recreo (actualmente parte del Museo); la segunda, para los servicios religiosos en donde se levanta la pequeña capilla que cuenta con un Retablo del Siglo XV Español; y la tercera , en la que fue el laboreo, en donde se encontraban los patios para la amalgamación, galeras, almacén de mineral, acueductos, norias, ...estanques y caballerizas. Las áreas que originalmente se destinaban al trabajo de beneficio de metales son ahora 17 hermosos jardines cada uno con un estilo propio. La Hacienda pasó por diferentes manos y en 1947 con el último dueño particular, la Hacienda sufre una transformación hasta lucir como ahora la conocemos. En 1975 la adquiere el Gobierno del Estado de Guanajuato. Fue sin duda la más importante de las Haciendas, que hoy en día es la más hermosa.